幼い頃に突然死で母を亡くし、心を閉ざしがちな主人公・狭間真。「重要な研究」に没頭し続けている父とも心を通わせることができないでいる。クラスメイトで幼馴染の琴莉は、そんな真をずっと見守り続けてきた。
高校三年生の秋、真は琴莉をデートに誘う。
受験を控え、将来への不安を一時忘れることが出来た大切な時間。隣同士で観る映画、はじめて一緒に撮ったプリクラ、新宿でのショッピング、カフェでのお喋り。いつも隣にいてくれた琴莉の笑顔は、これまでで一番輝いて見えた。真は勇気を出し、琴莉へ想いを伝えようとする。

だが、想像もしていなかった出来事が、少年と少女の運命を変えていく。
琴莉の携帯電話に、真の父が亡くなったと連絡が入る。母と同じ突然死。近年急速に増加していた突然死は深刻な社会問題となっていたが、母に続き、父までも……。

真の前に、ジンと名乗る少年が現れる。ジンは真に告げる。

ジンは、この世界と相対するもうひとつの世界「日本公国」から来たという。ふたつの世界には相対する人物がおり、片方の世界で死ぬと、もう片方も死ぬ。父と母の死は、日本公国で、公女と呼ばれる権力者に処刑されたからだったのだ。ジンは、日本公国で絶対的な権力をふるう独裁政権を倒すため、公女コトコと相対する人物を殺すためこの世界に来た。

困惑する真。相対するふたりの前に、少女の姿をした人型兵器・ミコと、ミコと共に真を追いかけてきた琴莉が現れる。琴莉の顔を見たジンは言った。

相対するふたつの世界を舞台に、真とジン、琴莉とコトコの運命が交錯する。