朝日小学生新聞で1986年に尼子騒兵衛が「落第忍者乱太郎」の連載を開始し、1993年よりテレビアニメ「忍たま乱太郎」が放送開始して以降、幅広い世代に愛され続けている「忍たま乱太郎」。
テレビアニメ、ミュージカル、実写映画など、さまざまなかたちで親しまれてきた中で、ファンの間で高い人気を誇る「小説 落第忍者乱太郎 ドクタケ忍者隊 最強の軍師」がついに映像化！！

監督は初代キャラクターデザインを務め、前作「劇場版アニメ 忍たま乱太郎 忍術学園全員出動！の段」(2011年)でも監督を務めた藤森雅也。脚本は「小説 落第忍者乱太郎 ドクタケ忍者隊 最強の軍師」の著者であり、テレビシリーズも手がけてきた阪口和久が担当する。

また、テレビシリーズに引き続きアニメーション制作は亜細亜堂が務め、高山みなみ（乱太郎）、田中真弓（きり丸）、一龍斎貞友（しんべヱ）、関俊彦（土井半助）ほか、おなじみの豪華キャスト陣が登場。まさに「最強」の布陣で本作に臨む。

普段の「忍たま」とはひと味違った、シリアスな展開が待ち受ける本作。
土井先生と忍たまたちの絆で『勇気100％』が流れる日常を取り戻すことができるのか。
2024年12月、劇場でしか見られない「忍たま」が、幕を開ける。