行方をくらましていた日々輝は「ウロボロス」の真実を追って廃校舎へ向かうが、マガティアは討伐され、そこには何も残されていなかった——。一方、戦闘員Dは次なる標的グリーンキーパーを倒すため、再び錫切夢子と手を組むことに。新たな脅威も発生するなか、グリーンキーパーを追うDを待ち受けるものとは…？