怪人幹部ペルトロラとの死闘でブルーキーパーを失い、揺らぐドラゴンキーパー。混乱の中、桜間日々輝として大戦隊への入隊を果たした戦闘員Dは、"大戦隊も怪人幹部もぶっ潰す！"と決意を新たにし、奇妙な神隠し事件を追う警察官と謎の男・千歳に出会う。そんな中、Dに配属指示が下されるが、そこは予想外の部隊であった。